Patří k nejstarším obcím na Lomnicku. Jak vzniklo pojmenování obce nelze přesně zjistit. Podle jedné teorie byla ves Holenice pouhou pustinou, kde nerostlo zhola nic. Podle druhé teorie vzniklo jméno od toho, že obyvatelé obce nosili kvůli blátu vysoké boty, tak zvané holenice.

První zmínka o Holenicích pochází z roku 1412. Ves tehdy patřila Haškovi z Vrchlabí, poté Janu Semínovi ze Semína a dalším. V roce 1628 koupil ves Albrecht z Valdštejna a připojil ji k panství Hruboskalskému. Takřka po celém údolí jsou rozmístěny chalupy a jiné domy, na některých z nich jsou dochovány rysy roubených staveb.

Holenice leží v malebné oblasti Českého ráje. Nedaleko obce je nejznámější dominanta této oblasti - zřícenina hradu Trosky a jižním směrem neméně známé Prachovské skály, které jsou rájem turistů i horolezců.